Après une jeune expérience en fanfare, au clairon puis à la trompette, et une initiation à l'orgue avec l'AFMJB, Jean-Yves BAUDAIS entre au conservatoire de Rennes en 1988 dans la classe de trombone de P. Guigou et en ressort en 1993.  Il poursuit au conservatoire de Saint Malo en 1998 dans les classes de chant de L.  Barber et d'orgue de C. Collin-Paris, et obtient le CFEM dans ces deux classes en 2005. De 2006 à 2009 il intègre l'atelier Choeur mixte du conservatoire de Rennes sous la direction de R. Théodoresco.  En parallèle de ces formations musicales, il poursuit une formation universitaire, à l'Université de Rennes 1, qui le conduit au diplôme de Docteur de l'Institut national des sciences appliquées de Rennes en 2001. Depuis 2001 il est chercheur CNRS en télécommunications dans un laboratoire public rennais.
C'est en 1993 qu'il commence à chanter, dans l'ensemble vocal Choréa dirigé par Y. Krier, puis dans plusieurs ensembles rennais (Scordatura, Musica ficta, Convivium musicum). Il fonde un trio et un quatuor vocal pour aborder le répertoire médiéval et donner des prestations sur des sites historiques.  Depuis 2001 il se produit régulièrement avec le choeur d'hommes de la Maîtrise de Bretagne dirigée par J.-M. Noël, en collaboration avec le Parlement de musique, les choeurs de l'Opéra de Rennes, les Paladins, l'Orchestre de Bretagne, l'ensemble vocal M. Piquemal et l'ensemble Luis Berger.  Il est régulièrement invité en tant que soliste par différents ensembles rennais dont l'ensemble vocal du Thabor et l'ensemble vocal de Blossac.

Il continue sa formation vocale avec E. Mahé et lors de stages (Académie internationale de musique en Cornouaille, Les Eutherpiades du Golf, Acamédie Paul Le Flem).